Фамилия Мушкадинова — женская форма от мужской Мушкадинов, а та, в свою очередь, образована по очень редкой для русских фамилий модели. Суффикс -инов встречается в десятки раз реже, чем привычные -ов или -ев. Чаще всего он указывает на нерусское, тюркское или кавказское происхождение основы, которую «обрусели» с помощью русского патронимического суффикса.

В основе фамилии лежит прозвище или имя Мушкадин. Его можно разобрать на две части: «муш» и «кадин». Первая часть восходит к тюркскому müşk — «мускус» (ароматическое вещество). В переносном смысле так могли называть душистого, надушенного человека или, наоборот, иронично — того, кто работал с резкими запахами (например, кожевник). Вторая часть, -кадин, — это диалектный вариант арабского кади (судья) или тюркского кадын (госпожа, женщина). Однако на стыке слов «муш» и «кадин» могло возникнуть и цельное прозвище: «тот, у кого мускусный, то есть ценный, аромат, как у судьи» — метафора важного или состоятельного человека.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с географическим названием. В Дагестане есть село Мушкада (или Мушкади), и фамилия могла указывать на выходца оттуда: Мушкадин — «человек из Мушкады». Тогда суффикс -ов добавился уже на русской почве при оформлении фамилии.

Сословно носители фамилии Мушкадиновы, скорее всего, не относились к высшей аристократии. Такие «редкие» суффиксы и тюркские корни типичны для служилых татар, казаков или крестьян южных губерний России, где было сильно смешение славянского и тюркского населения. Встретить эту фамилию сегодня можно в Поволжье, на Северном Кавказе и в среде татарской диаспоры — везде, где сохранилась память о прозвище, пахнущем мускусом.