Фамилия Муштукенова образована от мужской формы Муштукенов, а та — от прозвища или имени Муштукен. Основа здесь — «муштук». Слово это тюркского происхождения, и его значение напрямую связано с охотой: «муштук» — это деревянный шар или чурка, которую использовали как приманку для ловли хищных птиц, чаще всего беркутов. В казахском, киргизском и других тюркских языках «мыштық» (вариант «муштук») означает именно такую приманку — чучело или болванку, на которую обучают ловчую птицу.

Прозвище Муштукен, скорее всего, получил человек, который либо изготавливал такие приманки, либо был беркутчи — охотником с ловчей птицей. В степных и горных регионах Центральной Азии охота с беркутом — древнее и уважаемое занятие, поэтому прозвище могло указывать на профессиональный статус предка. Суффикс «-ен» в основе Муштукен — не типичный русский, а скорее тюркский уменьшительно-ласкательный или принадлежностный аффикс, что говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где тюркские языки были основными, а русский суффикс «-ов/-ев» добавился уже при оформлении фамилии по русской модели.

Географически фамилия Муштукенова тяготеет к регионам Казахстана, Оренбургской и Астраханской областей России, где исторически жили казахи и другие тюркские народы. Встречаемость фамилии невысокая, что подтверждает её локальное происхождение от конкретного прозвища, а не от массово распространённого имени. Родственные фамилии — Муштуков, Муштукбаев, где корень тот же, но модели образования разные.

Таким образом, предок носителей фамилии Муштукенова был, вероятнее всего, охотником или мастером по изготовлению снаряжения для соколиной охоты. Фамилия сохранила в себе отголосок степного промысла, который был не просто ремеслом, а частью кочевой культуры.