Фамилия Мусташова — женская форма от Мусташов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования здесь классическая для русских фамилий: основа плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Значит, предок носителя фамилии — человек по прозвищу или имени Мусташ, а его потомки стали Мусташовыми.

Корень «мусташ» почти наверняка не славянский. Самая прямая версия — от тюркского слова, близкого к турецкому «bıyık» или татарскому «мыек» — усы. В тюркских языках есть и форма «муста» (ус), и слово «мусташ» могло означать «усатый», «человек с пышными усами». Прозвище давали по яркой внешней примете: обладателю окладистых усов, которые выделяли его среди окружающих. В русской среде такие прозвища приживались легко, особенно в регионах активного контакта с тюркским населением — в Поволжье, на Урале, в южных губерниях.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с арабским именем Мустафа (избранный), которое через тюркское посредство могло дать форму Мусташ. Однако фонетический переход «ф» в «ш» для русского языка нехарактерен, тогда как прозвище по усам звучит естественно и подтверждается множеством аналогичных фамилий (Усов, Усачёв, Бородин). Поэтому версия с усами — основная.

Географически фамилия Мусташова встречается разрозненно, без ярко выраженного гнезда, но чаще — в регионах бывшего Казанского ханства и на юге России, где тюркские заимствования в прозвищах были обычны. Сословного барьера фамилия не имела: её могли носить и крестьяне, и мещане, и казаки — прозвище по внешности не привязывало к определённому социальному слою. Написание в дореволюционных документах могло колебаться: встречаются варианты Мусташов, Мустошов, реже — с двойным «с» (Мустассов), но современная норма закрепила форму с одной «с».