Фамилия Мустайкин образована от имени Мустайка. Оно представляет собой производную форму имени Мустафа, которое в переводе с арабского означает «избранный, самый чистый, превосходящий других». Форма Мустайка широко распространена среди финно-угорских народов. Таким образом, человек, предка которого звали Мустайка, со временем получил фамилию Мустайкин.