Фамилия Мутор — одна из тех, где значение лежит на поверхности, но именно это и сбивает с толку. Проще всего было бы связать её с прилагательным «муторный» (скучный, нудный), но в основе, скорее всего, лежит не субъективная оценка характера, а конкретное обстоятельство или место.

Наиболее вероятное объяснение — прозвище Мутор, которое давали человеку, вызывающему хлопоты или суету. В южнорусских и украинских говорах слово «мутор» означало «беспорядок», «суматоху», «хлопотное дело». В этом случае прозвище могло закрепиться за беспокойным, непоседливым человеком, а может, и за тем, кто постоянно попадал в переделки. Реже Мутором называли нелюдимого или угрюмого человека — по глаголу «муториться» (хмуриться, сердиться).

Словообразовательная модель проста: фамилия Мутор — это субстантивированное прозвище, то есть перешедшее в разряд фамилий без добавления типичных суффиксов -ов, -ев или -ин. Такая «нулевая» модель характерна для украинской и белорусской традиции, где фамилии на согласный (Коваль, Бондарь, Мутор) встречаются гораздо чаще, чем в великорусских землях. Это указывает на вероятное западнорусское или малороссийское происхождение рода.

Встречается и другая, менее распространённая версия: связь с тюркским словом «мутор» — «смута», «мятеж». Если принять эту гипотезу, прозвище могли дать либо выходцу из татарской среды, либо человеку, участвовавшему в каких-то волнениях. Однако эта версия уступает славянской по простоте и географической распространённости фамилии.

Фамилия редкая, в списках столбовых дворян или купеческих гильдий не значится — её носителями, скорее всего, были крестьяне или казаки. В современных данных фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда», но чаще — в Воронежской, Ростовской областях и на востоке Украины.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Муторов, Муторкин) показывает, что форма Мутор — самая архаичная: она сохранила прозвище в чистом виде, без патронимического суффикса, что делает её ценной для историка языка.