Фамилия Музанкова — женская форма фамилии Музанков, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — «Музанк», а суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «чей?» — Музанков, то есть потомок или человек из семьи Музанка. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, которые заканчивались на «-ко» или «-ка» (как Третьяк — Третьяков, Шуйка — Шуйков).

Само прозвище Музанк, скорее всего, имеет тюркские корни. В языках Поволжья и Приуралья (татарском, башкирском) слово «музан» или «музанк» могло означать «тот, кто музицирует», «играющий на музыкальном инструменте», либо относиться к человеку с определённым тембром голоса или манерой пения. Другая, менее вероятная версия связывает прозвище с диалектным русским глаголом «музать» (медлить, колебаться) или «музга» (болото, топь), но для фамилии Музанков такая основа встречается редко и не имеет устойчивой географической привязки.

География фамилии Музанков (и Музанкова) сосредоточена в основном в Поволжье и на Урале: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Самарской областях. Это указывает на то, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из смешанной русско-татарской среды, где прозвища на тюркской основе были обычным делом. Суффикс «-к» в прозвище (Музанк, а не Музан) — характерная черта местных говоров, где уменьшительно-ласкательные или прозвищные формы часто обретали такое окончание.

Сословно Музанковы, вероятно, относились к государственным или ясачным крестьянам, а не к дворянству — фамилия не встречается в родословных книгах знатных родов. В XVIII–XIX веках такие фамилии фиксировались в ревизских сказках и метриках как «Музанков» или «Музанкова», без вариантов написания. Сегодня это редкая фамилия, и её носители, скорее всего, потомки тех, кто получил прозвище за музыкальность или за особую манеру поведения — точное значение утрачено, но тюркский след остаётся наиболее убедительным.