Фамилия Музолякин — редкая, и её разговорная, даже простоватая звуковая оболочка сразу выдаёт прозвищное происхождение. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), эта явно пошла от уличного прозвища, и корень здесь — «музоля». Так в южнорусских и украинских говорах называли мозоль, натёртую кожу или шишку. Прозвище Музоля могли дать человеку с заметной мозолью на руках или ногах — крестьянину, много работающему физически, либо тому, кто ходил в грубой, натирающей обуви.

Суффикс «-кин» указывает на модель образования, типичную для русского Севера и части среднерусских областей: сначала от прозвища Музоля возникло притяжательное прилагательное «Музолякин сын», то есть «сын Музоли», а затем оно закрепилось как фамилия. Если бы фамилия формировалась по южнорусской модели, мы бы увидели вариант Музоленко или Музоляк. Таким образом, география происхождения фамилии сужается: скорее всего, предки носителя Музолякина жили в Ярославской, Костромской, Вологодской или Архангельской губерниях, где суффикс «-ин» (и его вариант «-кин») был основным способом образования фамилий от слов женского рода и на -а/-я.

Встречается и альтернативная версия: основа «музоля» могла быть вариантом слова «музла» — так в некоторых говорах называли грязную или неопрятную женщину, а также нечто мокрое и склизкое. Но эта гипотеза слабее: слово «мозоль» (музоля) имеет прямую и понятную мотивацию для прозвища, а «музла» — слишком узкий диалектизм, который не объясняет распространённость корня в фамилиях. Есть и единичные случаи, когда Музолякиным становились потомки человека по имени Музоля — уменьшительной формы от редкого имени, но документальных подтверждений такой антропонимической традиции нет.

Самый вероятный социальный портрет предка — крестьянин или ремесленник, чьи мозолистые руки или ноги дали ему прозвище. Фамилия недворянская, недуховная — она бытовая, из народной гущи. В дореволюционных переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании и малой численности рода. Сегодня Музолякины — редкость, и каждый носитель фамилии может с высокой долей уверенности считать, что его предки жили в одной из северных или центральных губерний России и носили прозвище, данное за труд и простоту.