Фамилия Мякина ведет начало от прозвища Мяка. Тут есть две версии, и обе по-своему убедительны. Первая — самая простая: прозвище образовано от прилагательного «мягкий», и Мякой могли называть человека мягкого, покладистого нрава, либо, напротив, изнеженного, непривычного к труду — в народе такие прозвища часто давались с иронией.

Вторая версия интереснее и связана с земледелием. В самарских и саратовских говорах словом «мякота» называли паханую землю, поле, с которого уже снят один хлеб. Тогда Мякой называли крестьянина, владевшего таким «мякотным» полем, — это указывало на род занятий и социальное положение человека. Однако есть и третий, менее очевидный поворот: в некоторых областях мякотью называли размятую кожу, подготовленную для выделки, поэтому не исключено, что основатель рода Мякиных занимался кожевенным делом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Мякина — «дочь Мяки» или «жена Мяки», а для фамилий, образованных от прозвищ, это стандартная модель. По этой же схеме возникли, например, фамилии Сомина, Слонина или Бородина. Важно, что фамилия Мякина не связана напрямую с сельскохозяйственным отходом — мякиной, то есть шелухой, остающейся после обмолота. Хотя такое созвучие и напрашивается, словообразовательная цепочка здесь иная: основа — «мяк-» (от «мягкий» или «мякоть»), а не «мякин-».

Ударение в фамилии чаще всего падает на первый слог — Мя́кина, что тоже указывает на прозвищное происхождение: в русских фамилиях, образованных от кратких прозвищ, ударение обычно сохраняется на корне. Это отличает ее от прилагательного «мякина» — так в некоторых говорах называли солому, но к фамилии это отношения не имеет.