Фамилия Мякинин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Мякинин восходит к прозвищу Мякина. Мякиной на Руси называли отбросы, получаемые при молотьбе хозяйственных растений и состоящие из обломков колосьев, стеблей и другого мусора, употреблявшиеся как корм скоту. Скорее всего, прозвище Мякина содержало указание либо на внешность (пухлый), либо на особенности характера (добрый). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мякина, со временем получил фамилию Мякинин. Известен русский дворянский род Мякининых, который происходит от воеводы и комиссара браславского Юрия Мекиненского, выехавшего из Литвы к великому князю тверскому. Мякинин Фёдор был воеводой в Курмыше (1584), Мякинин Михайло — воеводой в Царицыне (1606). Мякинин Бахтеяр был в конце XVII века послом в Грузию и Имеретию. Род Мякининых внесён в VI часть родословной книги Новгородской губернии. О более точном месте и времени возникновения фамилии Мякинин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Мякинин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.