Фамилия Мякинина образована от прозвища Мякина. Так на Руси называли отходы, остающиеся после обмолота зерновых, — обломки колосьев, стебли, шелуху. Мякину не выбрасывали, её скармливали скоту, поэтому слово было в ходу у каждого крестьянина и не несло оскорбительного оттенка.

Скорее всего, прозвище Мякина характеризовало человека по внешности — полного, мягкого, рыхлого, или по нраву — добродушного, покладистого, незлобивого. Такая мотивировка типична для русских прозвищ, построенных на бытовых сравнениях. Потомки человека с таким прозвищем получили фамилию Мякинины по стандартной модели: к основе на -а добавлялся притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность роду Мякины.

Отдельно стоит сказать о дворянском роде Мякининых, который не связан с крестьянским прозвищем. Его родоначальником считают Юрия Мекиненского, воеводу и комиссара браславского, выехавшего из Литвы к великому князю тверскому. Написание фамилии со временем изменилось, и Мекиненский превратился в Мякинина. Представители этого рода занимали видные должности: Фёдор Мякинин был воеводой в Курмыше в 1584 году, Михайло Мякинин — воеводой в Царицыне в 1606-м, а Бахтеяр Мякинин в конце XVII века ездил послом в Грузию и Имеретию. Род внесли в VI часть родословной книги Новгородской губернии, что подтверждает его древнее происхождение.

Так что у фамилии Мякинина две разные истории: одна — простая и народная, от прозвища, данного по внешности или характеру, другая — дворянская, ведущая начало от литовского выходца. Обе версии имеют право на существование, и у разных семей Мякининых происхождение может отличаться.