Фамилия Мыгин — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: какой из двух совершенно разных корней считать исходным. Оба правдоподобны, но ведут к разным историям предков.

Первый и самый очевидный вариант — от прозвища Мыта, которое в северных и сибирских говорах означало «хитрый, пронырливый человек», а в некоторых диалектах — «беспокойный, суетливый». Слово это родственно глаголу «мыкаться» — скитаться, маяться. В этом случае фамилия Мыгин — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Мыги. Суффикс -ин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Такой модели придерживался и Б. Унбегаун в своей классификации: Мыгин стоит в одном ряду с Зимин, Птицын, Фомин.

Вторая версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия реки Мыга, притока Ветлуги в Нижегородской области, или от деревни Мыги, которая встречается в архангельских и вятских землях. Переселенцы, покинувшие родные места, нередко получали прозвище по прежнему месту жительства: «мыгинский» со временем сократилось до Мыгин. Эта версия объясняет, почему фамилия встречается в основном в Поволжье и на Русском Севере — в Вологодской, Кировской, Нижегородской областях. В этих регионах, кстати, фамилия чаще всего и фиксируется.

Спорной выглядит гипотеза, возводящая фамилию к крестильному имени Емельян (через просторечную форму Мыля). Слишком много промежуточных звеньев, и нет убедительных примеров такого перехода в других фамилиях. Поэтому версия с прозвищем или географическим названием надёжнее.

Что касается социального происхождения, то фамилия Мыгин не дворянская и не купеческая — она из крестьянской и мещанской среды. Её носители, скорее всего, были либо государственными крестьянами на севере, либо посадскими людьми в волжских городах. Никаких графов Мыгиных история не знает, и это нормально: подавляющее большинство русских фамилий именно такие.