Фамилия Мыкольникова — вариант женского рода от Мыкольников, и её происхождение прозрачнее, чем кажется на первый взгляд. Основа здесь — слово «мыкольник». В русских говорах так называли человека, который занимался мытьём, стиркой или чисткой чего-либо. В частности, в некоторых регионах «мыкольником» могли именовать работника на мыловарне или того, кто возил и продавал мыло. Корень «мы-» (от «мыть») здесь очевиден, а суффикс -ник- указывает на лицо по роду занятий — типичная модель для прозвищ и фамилий ремесленников (ср. плотник, печник, сыромятник).

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «мыкать» — скитаться, бродить или испытывать нужду. В этом случае «мыкольник» — человек, который «мыкается», то есть бедствует или часто меняет место жительства. Однако такое толкование менее вероятно: суффикс -ник- в говорах чаще закреплялся за конкретным занятием, а не за состоянием. Кроме того, фамилии от «мыкать» обычно образуются иначе — Мыкалов, Мыкалкин.

Особенность фамилии — её географическая привязка. Мыкольниковы и Мыкольниковы (с ударением на второй слог) встречаются преимущественно в северных и центральных областях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях. В этих краях мыловарение и ремёсла, связанные с водой, были развиты исторически. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с прозвищем Мыкольник, от которого фамилия и пошла.

Суффикс -ов- в мужском варианте (Мыкольников) указывает на принадлежность: буквально «сын Мыкольника». В женском окончании -а — просто грамматическая форма. Фамилия редкая: в современных телефонных справочниках и базах данных она встречается единично, что подтверждает её узколокальное происхождение. Носители, скорее всего, потомки ремесленников или крестьян одного из северных уездов.