Фамилия Мылкина — женская форма фамилии Мылкин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. Основа здесь — «Мылка». Это не имя и не географическое название, а скорее всего прозвище или обиходное именование человека по роду занятий или характерному признаку.

Самое прямое объяснение лежит на поверхности: «мылка» в русских говорах — это торговка мылом или женщина, которая варит мыло. В старину мыловарение было распространённым домашним промыслом, особенно в северных и центральных губерниях. Прозвище Мылка могли дать не только ремесленнице, но и человеку, который торговал мылом в разнос, или даже тому, кто отличался чистоплотностью, «намытостью». В таком случае фамилия Мылкин — отчество второго порядка: «чей?» — Мылкин, то есть сын или потомок Мылки.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «мылка» означала не только мыло, но и мыльную пену, а в переносном смысле — льстеца, угодника, человека, который «подмазывается» ласковыми словами. Прозвище могло закрепиться за хитрым или сладкоречивым человеком. Эта версия менее популярна, но лингвистически не менее состоятельна.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Мылкин — «сын Мылки». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий на -а/-я. По статистике, фамилия Мылкина встречается редко, с заметной концентрацией в Поволжье и некоторых районах Сибири — там, где мыловарение было одним из крестьянских промыслов. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фиксируется, а значит, предки носителей Мылкиных относились к крестьянскому или мещанскому сословию.

Таким образом, в большинстве случаев фамилия Мылкина восходит к профессиональному прозвищу: её носительницы — потомки мыловаров или торговок мылом.