Фамилия Милкины принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от мирского имени. В её основе лежит имя или прозвище Милка, которое восходит к корню «мил-» со значением «милый», «любимый, дорогой, желанный», а также «привлекательный, хорошенький», «нежный, кроткий». Чаще всего Милкой называли горячо любимого ребёнка — такое имя было своего рода оберегом, пожеланием счастливой и ладной жизни. Но не исключено, что прозвище Милка закреплялось и за взрослым человеком: так могли сказать о ком-то с приятной внешностью, добродушным и незлобивым нравом. Поэтому фамилия Милкины может указывать и на характер, и на внешность родоначальника.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Милкины — это буквально «чьи?» — люди из рода Милки. Такая модель типична для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин часто образовывались от имён и прозвищ с конечной гласной или мягким согласным. Интересно, что параллельно существовала и форма Милков — от той же основы, но с суффиксом -ов, что говорит о широкой распространённости исходного прозвища в разных диалектных зонах.

Стоит отметить, что в старину имя Милка не было редкостью. Оно встречается в берестяных грамотах и писцовых книгах, где фиксировались крестьяне и посадские люди с такими именами. Позже, когда в XV–XVII веках шёл активный процесс закрепления фамилий, потомки этих Милок и стали Милкиными. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно — формирование шло постепенно и независимо в разных регионах, поэтому у Милкиных нет единого «родового гнезда». Тем не менее, фамилия Милкины — это живой памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе ласковое слово, с которым когда-то обращались к дорогому человеку.