Фамилия Милкина образована от женского прозвища Милка. В её основе лежит прилагательное «милый», а сама форма с суффиксом -к- в старину была ласкательной: так могли называть симпатичную, приятную девушку или молодую женщину. Прозвище Милка подчёркивало либо добрый нрав, либо привлекательную внешность — оба значения были одинаково употребимы в крестьянской и городской среде.

Фамилия относится к типу «материнских»: она закреплялась за детьми по имени или прозвищу матери. Если женщину в округе звали Милкой, её сына или дочь могли записать как Милкиных. Такая модель встречается реже, чем отчества от мужских имён, но она устойчиво бытовала в русских говорах, особенно там, где женщина играла заметную роль в семье или хозяйстве.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Милкина буквально значит «дочь Милки» или «из семьи Милки». Мужской вариант фамилии — Милкин, женский — Милкина, и оба они сохраняют исходное ударение на первом слоге.

Однокоренные фамилии — Милов, Миловский, Милков — произошли от тех же корней, но Милкина выделяется именно уменьшительной основой. Это не фамилия-характеристика самого предка, а след обращения к нему в детстве или к его матери. Потомок человека, которого домашние и соседи звали Милкой, со временем получил фамилию Милкина.

В документах фамилия встречается с XVII века, когда прозвища начали закрепляться как наследственные. Точно проследить географию сложно: Милкины рассеяны по всей Центральной России, но чаще всего запись встречается в ярославских и костромских писцовых книгах. В городской среде фамилия могла возникнуть и независимо, от личного имени Милка, которое иногда давали девочкам в просторечии.

Отдельно стоит сказать: версия о происхождении от слова «молоко» или «милка» в значении «возлюбленная» — вторична. В русских говорах «милка» действительно означала любимую, но в основе фамилии лежит не это, а общеславянское прилагательное «милый» с ласкательным суффиксом. Так что фамилия Милкина — это память о тёплом, домашнем прозвище, которое давали человеку за доброту или приятную внешность.