Фамилия Мылков в своей основе имеет прозвище Мылко, и главный вопрос — что оно значило. В народной речи глагол «мылить» имел не только прямое значение, связанное с мылом, но и переносное: «журить, бранить». Поэтому логично предположить, что прозвище Мылко отражало характер человека. Так могли назвать того, кто отличался строгим нравом, любил поучать окружающих и давать советы, порой излишне настойчиво. Именование закреплялось за человеком как наиболее употребительное, а со временем легло в основу фамилии Мылков.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: прозвище на -о (Мылко) превратилось в притяжательное прилагательное с суффиксом -ов, то есть «сын Мылка». Такой путь прошли многие фамилии от прозвищ, и Мылков — один из примеров этой распространенной модели.

Впрочем, у корня «мыл-» есть и другая, бытовая версия. В говорах мылкой иногда называли банную принадлежность или самого человека, который любил мыться, следил за чистотой. Эта гипотеза слабее: прозвища по характеру встречаются чаще, чем по бытовым привычкам, а связь с глаголом «мылить» в значении «бранить» зафиксирована в словарях.

В документах фамилия встречается с разными ударениями и написаниями, что характерно для народных прозвищных фамилий. Например, в Книге памяти Сахалинской области упоминается Степан Федосеевич Мылков, родившийся в 1897 году в Киевском округе. Там же есть и Ольга Николаевна Малкова, родившаяся в том же году в Каменец-Подольской области. Вариант Малков, кстати, часто путают с Мылковым, хотя это разные фамилии: Малков восходит к имени или прозвищу Малко (от «малый»), а Мылков — к «мылить». В устной речи, особенно в южнорусских говорах, где «ы» и «а» после твердых согласных могли звучать близко, эти фамилии легко смешивались, но происхождение у них разное.

Потомок человека с прозвищем Мылко, таким образом, получал фамилию Мылков. Строгий нрав и привычка поучать, которые легли в ее основу, вряд ли стоит воспринимать как отрицательную характеристику: в крестьянской среде наставничество и требовательность часто ценились, особенно если человек был старшим в семье или общине.