Фамилия Мылко звучит необычно, но её происхождение прозрачно и связано с бытовым прозвищем. В основе лежит древнерусское слово «мыло» — в прямом значении или как часть сложного прозвища. Чаще всего фамилию получил человек, который мыл, стирал или торговал мылом. В русских говорах «мылкой» могли назвать банщика, прачку или того, кто промышлял мыловарением — ремеслом, распространённым в северных и центральных губерниях.

Словообразовательная модель проста: суффикс -к- (в форме Мылко) характерен для украинских, белорусских и южнорусских фамилий. Он указывает на прозвищное происхождение: Мылко — это не отчество, а прямое прозвище, которое закрепилось за человеком. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые означают «чей-то сын», фамилия Мылко сохранила исходную форму без дополнительного суффикса принадлежности. Такие фамилии типичны для западнорусских земель и Украины.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с личным именем Мыла — сокращённой формой от крестильного имени Емилиан (через Емил → Мыл). Однако эта гипотеза слабая, потому что имя Мыла не зафиксировано в святцах и встречается крайне редко, в основном в поздних народных переделках. Прозвищная версия — от мыла или мытья — гораздо убедительнее.

Регионально фамилия Мылко чаще встречается на западе России, в Беларуси и на востоке Украины. В старых переписях носители могли быть крестьянами или мещанами, занимавшимися ремеслом мыловарения — одним из первых химических производств на Руси. В отличие от фамилий Мыльников или Мылов, суффикс -ко делает фамилию более «простонародной» и регионально окрашенной.

Стоит отличать её от похожих однокоренных фамилий: Мыльников (сын мыльника), Мылов (от прозвища Мыл) или Мылкин (от женского прозвища Мылка). Мылко стоит особняком как прямое прозвище, не переоформленное в отчество. Это редкий случай, когда фамилия почти дословно сохранила бытовое прозвище предка, без лишних суффиксов и переделок.