Фамилия Мыльникоа — редкий и, скорее всего, искажённый на письме вариант фамилии Мыльников. Ошибка в окончании («-коа» вместо «-ков») могла возникнуть при записи фамилии в паспорте, церковной книге или при переписи населения, когда писарь записал её на слух, неверно передав звучание. В русских фамилиях суффикс «-ов» — самый распространённый патронимический показатель, указывающий на принадлежность («чей?» — Мыльников, то есть сын Мыльника). Форма «Мыльникоа» грамматически чужда русской ономастике и, скорее всего, является случайной опиской.

Если же отбросить вероятную ошибку и разбирать основу «Мыльник-», то происхождение фамилии прозрачное и ремесленное. «Мыльник» в Древней Руси — не просто человек, который моется, а мастер, варивший мыло. В XVI–XVII веках мыловарение было одним из первых русских промыслов, особенно развитым в Ярославле, Костроме и Нижнем Новгороде. Мыльники принадлежали к посадским людям — городским ремесленникам, которые платили тягло (налоги). Фамилия Мыльников, таким образом, говорит о том, что предок носителя занимался изготовлением и продажей мыла, а не просто имел отношение к бане (для банщиков существовали отдельные прозвища — Банников, Мовников).

Филологически фамилия образована по продуктивной модели: от названия профессии (мыльник) с помощью суффикса принадлежности «-ов». Это типичная «ремесленная» фамилия, подобно Кузнецову, Плотникову или Скорнякову. Редкий суффикс «-коа» в данном случае не несёт смысловой нагрузки, а лишь указывает на возможное искажение при документировании. Встречается эта фамилия (в своём нормативном варианте Мыльников) повсеместно, но особенно часто — в центральных областях России, где исторически было развито мыловарение.