Фамилия Мышаненкова — это женская форма фамилии Мышаненков, и её основа — прозвище или нецерковное имя Мышаня. В русской ономастике суффикс -енков (а в женском варианте -енкова) указывает на происхождение от прозвища, оканчивающегося на -еня. Модель образования здесь та же, что и у фамилий типа Котенков (от Котеня) или Боченков (от Боченя): к основе Мышан- добавляется суффикс -енк- (уменьшительный или указывающий на принадлежность), а затем патронимический суффикс -ов. Буквально Мышаненков — «сын Мышани», то есть потомок человека по прозвищу Мышаня.

Само прозвище Мышаня, скорее всего, восходит к слову «мышь». В славянской традиции прозвища от названий животных были распространены: они могли даваться за внешнее сходство (маленький, юркий, тихий человек), за особенности поведения (незаметный, «мышиный» характер) или даже за профессиональную деятельность (например, ловец мышей, но это менее вероятно). Уменьшительный суффикс -ан- (-ян-) придаёт прозвищу ласкательный или бытовой оттенок: Мышаня — это не просто «мышь», а скорее «мышонок» или «маленькая мышь».

Географически фамилия Мышаненков (и Мышаненкова) встречается преимущественно в южных и центральных регионах России, а также на Украине, что типично для фамилий с суффиксом -енков. Этот суффикс характерен для восточнославянской, особенно украинской и южнорусской, модели образования фамилий (в отличие от северорусского -их/-ых). В некоторых говорах слово «мышаня» могло обозначать не только животное, но и прозвище человека с узкими, «мышиными» глазами или скупыми чертами лица.

Есть и менее вероятная версия: связь с топонимом — название деревни или хутора вроде Мышановка или Мышино. Но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Мышанов или Мышин. Прямых данных о связи фамилии с конкретным населённым пунктом нет, поэтому версия с прозвищем остаётся основной.

Сословно фамилия Мышаненкова не указывает на дворянское происхождение — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по бытовым признакам. Известных исторических носителей фамилии в открытых источниках не зафиксировано, что тоже говорит о её «простонародном» и локальном характере.