Фамилия Мишаненкова — женская форма фамилии Мишаненков, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт географию и социальный контекст. Суффикс -енков (а в женском роде -енкова) — это характерный признак фамилий, сложившихся в южных и западных регионах России, особенно в бывшей Орловской, Курской, Воронежской губерниях, а также на Слобожанщине. В отличие от северного суффикса -ов или -ев, форма на -енков образована по модели патронима (отчества) с уменьшительным оттенком: «чей?» — «Мишаненков», то есть «внук или сын Мишаненка».

Основа фамилии — имя Мишаня. Это народная, разговорная форма канонического имени Михаил (от древнееврейского «кто как Бог»). В русской ономастике суффикс -ан(я) (как в именах Пашаня, Ваня, Степаня) придавал имени ласкательный или обиходный оттенок. Таким образом, Мишаня — это не просто Миша, а, скорее, домашнее, даже несколько фамильярное прозвище, которое закрепилось за человеком в быту. От него образовали патроним Мишаненок — «маленький Мишаня» или «сын Мишани». А уже от этого патронима — фамилию Мишаненков.

Интересно, что в белорусской и украинской традиции форма Мишаненок (с ударением на последний слог) встречается как самостоятельная фамилия, и она буквально означает «Мишин сын». В русском же варианте фамилия «обрусела» через суффикс -ов, что типично для адаптации западнорусских и украинских фамилий в центральной России. То есть Мишаненков — это, по сути, «сын Мишаненка» (двойная патронимия), что говорит о глубокой укоренённости прозвища в роду.

Сословно фамилия чаще всего принадлежала крестьянам или однодворцам (государственным крестьянам южных окраин). Никакого дворянского или купеческого происхождения у Мишаненковых в большинстве случаев не было — это фамилия, родившаяся в сельской среде, где имя Мишаня было обычным, а прозвище Мишаненок — естественным способом назвать младшего члена семьи. В документах XIX века такая фамилия почти наверняка писалась через «о»: Мишаненковъ.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Мишанин, Мишанов, Мишанкин, — то Мишаненкова стоит особняком: она самая «географически привязанная» и самая «многослойная» по образованию. В ней слышен не просто корень, а целая семейная история: был некто Мишаня, его сына прозвали Мишаненком, а внуки уже стали Мишаненковыми.