Фамилия Мишаненков — яркий пример того, как уменьшительное имя, пройдя через сложную словообразовательную цепочку, превратилось в устойчивую фамилию. В её основе лежит имя Михаил, которое в народной русской традиции давало множество производных форм. Миша — это общеизвестное сокращение, а вот Мишаня — уже ласкательно-просторечный вариант, характерный для северных и центральных говоров России. Именно от этой формы «Мишаня» и пошла фамилия.

Ключевая особенность Мишаненкова — это суффикс -енк(ов). В русской ономастике этот суффикс двойного происхождения. С одной стороны, он может указывать на украинское или белорусское влияние, где фамилии на -енко (Мишаненко) означали «сын Мишани» или «потомок Мишани». С другой стороны, в русских фамилиях суффикс -енков мог появиться при русификации украинских фамилий: переселенец Мишаненко на русской земле становился Мишаненковым, чтобы вписаться в местную модель фамилий на -ов. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был либо выходцем с юга (из Малороссии), либо жил на пограничье, где такие формы смешивались.

Вторая версия, менее популярная, но имеющая право на существование, связывает фамилию с прозвищем «Мишаня», которое могло относиться не к человеку, а к медведю. В диалектах медведя называли «мишкой», «мишаней», «михайлой». Если предок был охотником или лесником, или же отличался медвежьей силой и неуклюжестью, такое прозвище могло закрепиться за ним и затем перейти в фамилию. Однако антропонимический словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова склоняются к первой, «именной» версии: подавляющее большинство фамилий на -енков образовано от крестильных имён.

Географически фамилия Мишаненков тяготеет к Курской, Белгородской и Воронежской областям — регионам, где исторически встречались и русские, и украинские фамильные модели. Сословно носители фамилии относились к крестьянам или однодворцам — особой категории служилых людей на южных рубежах, которые со временем слились с крестьянством. В документах XVIII–XIX веков Мишаненковы часто встречаются среди государственных крестьян, что говорит об отсутствии дворянских привилегий у основателя рода.