Фамилия Мысский — редкий пример, когда географическая основа и суффикс не совпадают по привычной модели. Если бы фамилия происходила от названия села или города Мыски (есть в Кемеровской области), мы бы получили Мысковский, а не Мысский. Суффикс -ск- здесь указывает на принадлежность к объекту, а окончание -ий — типично для русских фамилий дворянского или духовного происхождения, но в данном случае скорее для тех, кто «служил при мысе» или жил на нём.

Основа «мыс» — это не только географический термин (выступ берега в море или реку), но и старый русский топоним: Мыс — название многих деревень и урочищ в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Сибири. Фамилия Мысский могла возникнуть у выходца из такой деревни, которую в документах записывали как «Мыс» или «Мысское». В этом случае фамилия — типичная «топонимическая», по названию места жительства, но с усечением корня: не Мысовский, а Мысский.

Менее вероятная, но возможная версия — прозвищная. В северных говорах «мыс» означало не только береговой выступ, но и «заливной луг» или «покос на возвышенности». Человек, владевший таким покосом или живший на нём, мог получить прозвище Мыс, а его потомки — фамилию Мысский. Встречается и вариант Мысской (с ударением на последний слог) — в южнорусских и украинских говорах такое окончание типично для фамилий, образованных от названий мест: Донской, Борской.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель на -ский обычно связывают с польским или украинским влиянием, но в случае Мысского это скорее севернорусский или сибирский след. Фамилия нечастотная, не имеет известных носителей в истории и культуре, но её прозрачная география указывает на предка, который либо жил на мысу, либо пришёл из деревни с таким названием.