Основой фамилии Мысяков послужило мирское имя Мысяк. Мирское имя Мысяк, предположительно, берёт начало от нарицательного «мысь» - «белка, векша». Давая младенцу такое имя, как Мысяк, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Возможно также, что фамилия Мысяков является фонетическим вариантом фамилии Мысаков. В свою очередь, фамилия Мысаков происходит от имени Мысак. Оно представляет собой производную форму имени Мысей, которое является разговорным вариантом имени Моисей. Именование Моисей в переводе с древнееврейского означает «спасенный из воды». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мысяк, со временем получил фамилию Мысяков.