Фамилия Мысяков образована от мирского имени Мысяк, и в её основе лежат две разные, но равноправные версии происхождения. Первая связывает имя с нарицательным «мысь», что в древнерусском языке означало «белка» или «векша». В языческой традиции такие имена давали, чтобы природа приняла ребёнка как своего, а вместе с именем к нему перешли бы полезные качества зверька — ловкость, подвижность, хозяйственность. Подобные «животные» имена были широко распространены у славян, и фамилия Мысяков сохранила память об этой древней практике.

Вторая версия рассматривает Мысяков как фонетический вариант фамилии Мысаков. В этом случае исходным было имя Мысак — производная форма от Мысей, разговорного варианта канонического имени Моисей. Само имя Моисей в переводе с древнееврейского означает «спасённый из воды», что придаёт фамилии библейский оттенок. Разница между Мысак и Мысяк на письме невелика, а в живой речи и вовсе стирается, поэтому со временем обе формы могли слиться в одну.

Какая из версий правдоподобнее? Вопрос остаётся открытым. С одной стороны, имя Мысяк от «мысь» органично вписывается в ряд древнерусских мирских имён от названий животных: Белка, Волк, Заяц. С другой — переход Мысей в Мысак, а затем в Мысяк не менее характерен для народной традиции переделывать церковные имена на свой лад. Скорее всего, фамилия неоднородна по происхождению: часть носителей ведёт род от «беличьего» прозвища, часть — от крестильного имени.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель отчества-притяжательности: Мысяков буквально означает «сын Мысяка». Такие фамилии закрепились в XV–XVII веках, когда потомков человека начинали называть по имени отца. Сословной привязки фамилия не имеет: её могли носить и крестьяне, и посадские люди, и служилые. География распространения сегодня охватывает в основном центральные и поволжские регионы России, что косвенно подтверждает давнее бытование имени в этих землях.

Известных носителей фамилии, оставивших заметный след в истории, назвать трудно — Мысяковы не принадлежали к титулованным родам и не попадали в поле зрения летописцев. Но в этом и ценность фамилии: она сохранила живую память о прозвище или имени, которое носило несколько поколений предков, и сегодня позволяет заглянуть в ту эпоху, когда человек и природа, имя и судьба были теснее связаны между собой.