Фамилия Мысяков происходит от личного имени или прозвища Мысяк, и у её происхождения есть две основные версии. Первая, более древняя, связывает основу с нарицательным «мысь» — так в старых русских говорах называли белку или векшу. Мирские имена, образованные от названий животных, были обычным делом в дохристианской и раннехристианской Руси. Называя ребёнка Мысяком, родители как бы поручали его природе, надеясь, что к нему перейдут полезные качества этого шустрого и запасливого зверька. Такие имена должны были сделать ребёнка «своим» для окружающего мира, защитить от бед.

Вторая версия рассматривает фамилию Мысяков как фонетический вариант более распространённой фамилии Мысаков. В этом случае основа восходит к имени Мысак — производной, разговорной форме канонического имени Мысей, которое в народе использовали вместо церковного Моисей. Имя Моисей в переводе с древнееврейского означает «спасённый из воды», и в этом случае фамилия несёт на себе отпечаток христианской традиции именования. Какая из версий правдоподобнее — сказать сложно, но обе имеют право на существование и отражают разные пласты истории.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: к основе Мысяк или Мысак добавили типичный фамильный суффикс -ов, который указывал на принадлежность потомку человека с таким именем. То есть изначально Мысяков — это «сын Мысяка». Суффикс -ак, который мы видим в основе, в русском именослове часто использовался для образования уменьшительных или обиходных форм имён, поэтому само имя Мысяк звучало по-домашнему, неофициально.

Точное место и время возникновения фамилии Мысяков сейчас установить сложно: фамилии на Руси формировались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и единого момента появления не существовало. Тем не менее, сама фамилия — живой памятник славянской культуры, в котором смешались и древние языческие представления о мире, и более поздние христианские традиции именования.