Фамилия Начальная — редкий случай среди русских фамилий, и её разбор требует осторожности. В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев или -ин, она имеет форму прилагательного женского рода. Сразу отметим: в русской ономастике фамилии на -ая, -яя (типа Умная, Веселая, Начальная) обычно указывают на то, что перед нами фамилия, застывшая в форме женского рода. Это могло произойти, если фамилия впервые была зафиксирована за женщиной (например, вдовой, которая вела хозяйство), или если она образована от прозвища, которое уже имело такое окончание.

Корень «начал-» связан со словом «начало». Прозвище Начало или Начальный в Древней Руси могли дать человеку, который зачинал какое-либо дело, был первопроходцем в общине, или, наоборот, был первым ребенком в семье (по аналогии с именем Первак). Нельзя исключать и ироничное прозвище для того, кто всё начинал, но не доводил до конца. В говорах слово «начальный» иногда означало «старший», «главный», «командующий», так что фамилия могла указывать на род занятий или положение предка — например, старосту или выборного начальника.

Географически фамилия Начальная встречается крайне редко. Основные очаги — южные регионы России (Кубань, Ростовская область) и Украина. В документах XIX века такие фамилии иногда возникали у бывших крепостных, когда помещик давал «говорящую» фамилию по какой-то примете. Вероятно, предок современных носителей фамилии получил прозвище «Начальный» не в канцелярии, а в быту, и оно закрепилось за его потомками.

С точки зрения словообразования, это старый тип фамилий-прилагательных, который в русском языке со временем почти вытеснился моделью на -ов. Поэтому Начальная — своего рода архаизм, сохранившийся в крестьянской среде. Если вы носите эту фамилию, скорее всего, ваши предки были вольными или государственными крестьянами, а не дворянами (дворянские фамилии на -ая обычно имеют другую этимологию, например, от названий усадеб). Никаких знаменитых однофамильцев в истории не зафиксировано, что только подтверждает её народное, неаристократическое происхождение.