Фамилия Надудин — редкий случай, когда суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Она образована с помощью патронимического суффикса -ин, который в русской традиции крепился к основам на -а/-я. Это сразу говорит, что в основе лежит прозвище или мирское имя, оканчивавшееся на «а»: Надуда.

Само прозвище Надуда — звукоподражательное. В русских говорах «надудеть» значило сыграть на дудке, издать протяжный гудящий звук. Человек мог получить такое прозвище за манеру говорить в нос, гнусавить, или за привычку напевать себе под нос. Глагол «дудеть» имел и переносное значение — надоедливо твердить одно и то же, нудно повторять. Соответственно, Надудой могли окрестить зануду или ворчуна. В этом случае фамилия Надудин означает «сын Надуды» — потомок человека с таким прозвищем.

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами Поволжья и Приуралья. По данным современных телефонных справочников, основная масса Надудиных сосредоточена в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Это указывает на относительно позднее оформление фамилии — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьяне этих регионов массово получали фамилии по прозвищам отцов. Сословно это, вероятнее всего, были государственные или бывшие монастырские крестьяне, а не дворяне.

Вторая, более редкая версия выводит основу из тюркских языков. В башкирском и татарском есть слово «наду» — «надутый, спесивый». Если это так, то прозвище Надуда могло принадлежать человеку с гонором, а фамилия — отражать его характер. Однако эта гипотеза слабее: суффикс -ин нетипичен для тюркских заимствований, и фамилия Надудин звучит по-русски органичнее, чем по-татарски.

Фамилия Надудин не имеет отношения ни к слову «надуть» в смысле обмана, ни к фамилии Надеждин — это разные корни, которые случайно созвучны лишь в именительном падеже.