Фамилия Надуткин в основе своей имеет прозвище Надутко или Надутка, и разобраться в её происхождении — значит понять, кем был тот самый первый носитель этого именования. Корень здесь — глагол «надуть», «надувать», то есть «наполнять воздухом, расширяя в объёме». От этого значения — один шаг до предположения о профессиональном прозвище: вполне вероятно, что предок Надуткиных был стеклодувом, чья работа напрямую связана с раздуванием стеклянной массы. Такие «профессиональные» именования были распространены на Руси, и прозвище по ремеслу легко закреплялось за человеком, а затем переходило к потомкам.

Но у слова «надуть» есть и второе, переносное значение — «плутовать, обманывать, дурачить». Поэтому нельзя исключать, что Надуткой в народе называли хитрого, изворотливого человека, мастера «надувать» окружающих. Обе версии имеют право на существование, и выбрать одну из них сложно: язык не даёт нам точного указания, какое из значений сработало в конкретном случае. Прозвище Надутка закрепилось за человеком как наиболее употребительное обиходное именование, а со временем легло в основу фамилии Надуткин — по модели, типичной для русских фамилий: к основе на -а добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность, родство. Так потомок человека с прозвищем Надутка становился Надуткиным.

Стоит заметить, что фамилия эта относительно редкая, и её география не слишком широка, что характерно для прозвищных фамилий, возникших не от крестильных имён, а от живых народных слов. В отличие от фамилий, образованных от церковных календарных имён, Надуткин несёт в себе отпечаток бытовой среды, где прозвище могло родиться и в среде ремесленников, и в крестьянской общине. Однокоренные фамилии — Надутов, Надуев — встречаются ещё реже, что делает Надуткиных носителями довольно самобытного именования.