Фамилия Нафиковая — редкий случай, когда женская форма фамилии закрепилась в качестве родового имени. В русской традиции фамилии на -ов/-ев, -ин и -ский обычно передавались по мужской линии, а женские варианты (вроде Нафикова) были лишь грамматической формой для замужних женщин. Но в некоторых регионах, особенно среди тюркских народов Поволжья и Урала, женская форма могла стать основной для целого рода. Скорее всего, фамилия происходит от татарского или башкирского мужского имени Нафик (араб. нафи‘ — «полезный», «благотворный»). В тюркской среде фамилии часто образовывали от имени отца с помощью суффикса -ов/-ев, а затем, при русификации документов, фиксировали форму, которую носила женщина — глава семьи или вдова. Так появилась Нафиковая.

Суффикс -овая здесь необычен: он характерен для притяжательных прилагательных (как «Петровая» — принадлежащая Петру), но в фамилиях встречается редко. Возможно, это следствие канцелярской ошибки или местного говора, где окончание -ая заменило стандартное -а. Встречаются и однокоренные фамилии — Нафиков, Нафикова, Нафиковы — но форма Нафиковая выделяется своей грамматической архаичностью.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и соседним областям, где распространены тюркские имена с корнем «наф-» (Нафиса, Нафкат). Если предки носили её, они с высокой вероятностью были татарами или башкирами, возможно, из крестьян или мелких торговцев. В дореволюционных переписях такие фамилии часто записывали на слух, поэтому не стоит удивляться вариантам Нафикова, Нафиккаева или даже Нофикова.

Словообразовательная модель проста: основа Нафик- + суффикс -ов- + окончание -ая. Исходное имя Нафик — арабского происхождения, но в быту могло осмысляться как «полезный человек» или даже как прозвище того, кто приносит удачу. Фамилия не дворянская и не купеческая — её носители, скорее всего, были простыми людьми, чьи имена зафиксировали при советской паспортизации 1930-х годов, когда окончательно утвердили фамилии в документах.