Фамилия Нагаткин образована от прозвища Нагатка, которое, скорее всего, восходит к глаголу «нагачивать». Даля оно трактуется как «засыпать хворостом, соломой, землей (например, дорогу по топкому или песчаному месту или плотину для удержания воды)». Вполне вероятно, что прозвище Нагатка отражало место жительства основателя рода (в болотистой местности). Не исключено также, что прозвище Нагатка относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок современного носителя фамилии Нагаткин занимался нагаткой плотин. Так и прозвище Нагатка закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Нагаткин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Нагатка, со временем получил фамилию Нагаткин.