Фамилия Нагаткин происходит от прозвища Нагатка, и в её основе лежит глагол «нагачивать». Словарь Владимира Даля трактует его как «засыпать хворостом, соломой, землей» — так укрепляли дорогу на топком месте или насыпали плотину для удержания воды. Человек, которого звали Нагаткой, либо жил в болотистой местности, где такие работы были обычным делом, либо сам занимался нагаткой плотин и дорог. Вторая версия выглядит даже более убедительной: прозвища, указывающие на ремесло, на Руси давали охотно и они быстро закреплялись за человеком.

Фамилия образована по типичной модели: к основе Нагатка добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность. То есть Нагаткин — это «сын Нагатки» или «человек из рода Нагатки». Такая схема характерна для прозвищ, которые превратились в фамилии ещё в XV–XVII веках, когда крестьянские и посадские семьи начинали обзаводиться постоянными родовыми именованиями.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и осталась довольно редкой. Это говорит о том, что прозвище Нагатка не было повсеместным, а бытовало в конкретной местности — вероятно, среди жителей речных долин и озерных краёв, где строительство плотин и гатей было насущной необходимостью. Встречается также вариант Нагаткины — форма множественного числа, которой в крестьянском быту обозначали всю семью целиком.

Точное время и место возникновения фамилии без серьёзных генеалогических изысканий назвать нельзя: процесс формирования фамилий шёл неравномерно, и одна и та же основа могла независимо появиться в разных уездах. Но сам корень — редкий и выразительный, он сохранил память о тяжёлой, но необходимой работе, без которой в старину не обходилось ни одно болотистое поселение.