Фамилия Нагаян — один из ярких примеров армянской модели фамилии, которая не меняла окончание при переносе в русскую среду. Её основа — «Нага» — восходит к армянскому имени Нагапет (Нахапет), что в переводе означает «первый», «начальник», «глава». Суффикс «-ян» в армянском языке выполняет ту же роль, что русские «-ов» и «-ин»: он указывает на принадлежность к роду, то есть Нагаян — буквально «из рода Нага», потомок того, кого звали Нага или Нагапет.

В русском контексте фамилия сохранила своё армянское окончание, не обрусев до формы Нагаев или Наганов. Это характерно для фамилий, которые вошли в обиход в XIX — начале XX века, когда армянские фамилии уже не переделывали на русский лад, а оставляли в оригинале. Встречается Нагаян преимущественно в регионах с исторически сильной армянской диаспорой: в Краснодарском крае, Ростовской области, Ставрополье, а также в Армении и странах Закавказья.

Редкость фамилии в том, что её основа не связана с ремеслом или прозвищем — она целиком антропонимическая, то есть произошла от личного имени. Это значит, что предки носителей фамилии, скорее всего, не имели какой-то одной профессии, закрепившейся в родовом имени, а просто были людьми, чей родоначальник носил имя Нагапет. В армянской ономастике такие фамилии — самая распространённая группа, но для русского уха они звучат необычно именно из-за прозрачной иноязычной структуры.

Ошибочно было бы искать в этой фамилии тюркские или русские корни: написание «Нагаян» однозначно указывает на армянское происхождение. Если вы встречаете вариант «Нагаян» с ударением на последний слог — это ещё одно подтверждение армянской модели, где ударение в фамилиях часто падает на окончание.