Фамилия Нахим — редкий случай, когда основа не обросла типичными русскими суффиксами -ов, -ин или -ский. Она застыла в своей исходной форме, что сразу указывает на её позднее происхождение или иноязычные корни. Скорее всего, перед нами не крестьянская или дворянская фамилия в классическом понимании, а либо фамилия еврейского происхождения, либо очень редкая фамилия из числа «нестандартных», зафиксированных в документах XX века.

Самая вероятная версия — еврейская. Имя Нахим (Нахум) восходит к древнееврейскому корню, означающему «утешение», «утешитель». В русской традиции это имя известно по библейскому пророку Науму. Фамилия образована напрямую от имени без дополнительного патронимического суффикса, что характерно для ашкеназских еврейских фамилий, особенно на территории бывшей черты оседлости. В таком случае предок носителя фамилии был человеком по имени Нахим (или Нахман, сокращённо Нахим).

Менее вероятная, но возможная версия — тюркская. В тюркских языках есть слово «нахим» (nahim) со значением «понимающий», «разумный». Встречается оно редко, но могло стать прозвищем, которое затем закрепилось как фамилия у татар или башкир. Однако в этом случае фамилия должна была бы сохраниться с тюркским суффиксом принадлежности (например, Нахимов), а форма без суффикса для тюркских фамилий в русской среде нетипична.

С точки зрения русской ономастики, фамилия Нахим стоит особняком. Она не вписывается в модель «имя + суффикс», по которой образовано подавляющее большинство русских фамилий. Если бы она была образована от русского имени или прозвища, то выглядела бы как Нахимов или Нахимкин. Поэтому при поиске своих корней носителю фамилии стоит в первую очередь обратить внимание на историю семьи и возможные связи с еврейскими общинами Восточной Европы.