Фамилия Наквасин хранит память о прозвище дальнего предка — Накваса. В основе лежит слово «закваска», то есть состав, вызывающий брожение. Без неё не скиснет молоко, не поднимется тесто, не забродит квас или пиво. Поэтому прозвище Накваса относится к «профессиональным» именованиям: так могли назвать человека, который делал кисломолочные продукты, готовил напитки или был пекарем.

Самые ранние упоминания однокоренных прозвищ находим в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского. Там записан Семен Накваса, живший в Суздале в 1455 году, и московский подьячий Федор Наквасин, упомянутый в 1636 году. Эти записи показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от посадских людей до служилых — и уже в XVII веке дало жизнь фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Наквасин означает «сын Наквасы». Такую модель использовали, когда прозвище отца оканчивалось на -а или -я, поэтому она распространена в северных и центральных русских землях. Прозвище закрепилось за человеком как основное именование, а затем перешло к детям и внукам.

Точное время и место возникновения каждой конкретной ветви Наквасиных назвать сложно — фамилия могла формироваться независимо в разных местностях. Но её корень ясно говорит о деле, которым кормилась семья: без закваски не обходился ни один крестьянский стол, а умелый мастер, знающий толк в брожении, ценился повсеместно.