Фамилия Налейкин образована по модели, которая встречается у восточных, западных и южных славян: от личного прозвища или имени, христианского или языческого. В основе лежит глагол «налить» или форма повелительного наклонения «налей». Так могли прозвать человека по конкретному случаю: например, щедрого виночерпия, расторопного слугу, который разливал напитки за столом, или, наоборот, того, кто любил выпить. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Налейкин буквально значит «сын Налейки».

Само прозвище Налейка — это, скорее всего, краткая форма от «Налей-ка», то есть обращение, закрепившееся за человеком. Подобные имена-окрики встречались в старину на Руси: так могли назвать бойкого, шустрого парня, который не ждал, пока ему нальют, а сам брал инициативу. Впрочем, есть и другая версия: в некоторых говорах «налейкой» называли мерный ковш или посудину для разлива жидкости. Тогда фамилия могла достаться потомкам мастера, который делал такую утварь, или торговца, развозившего по дворам квас, масло и прочие жидкие товары.

Ономастика знает немало аналогичных фамилий, построенных от глагольных форм: например, Наливайко, Налимов, Налейкин. Они возникали независимо в разных славянских землях, что говорит о древности самой модели. У восточных славян такие прозвища часто становились фамилиями без дополнительных изменений, а у поляков и чехов могли обрастать суффиксами -ский или -ович. Налейкин же застыл в самой простой и архаичной форме, что делает его ценным для историка языка.

Точных сведений о том, в каком регионе фамилия появилась впервые, нет. Но по распространению можно предположить, что её корни — в центральной России или Поволжье, где были сильны традиции бытовых прозвищ. В письменных источниках фамилия встречается с XVII–XVIII веков, когда крестьян и посадских людей начали массово записывать по прозвищам отцов. До этого Налейка мог жить и в XV веке, просто не оставив следов в документах.

Сословная принадлежность предков Налейкиных, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Дворянские роды с такой фамилией не фиксируются в гербовниках, что косвенно подтверждает её «низовое» происхождение. Однако это не умаляет её исторической ценности: она сохранила живую разговорную речь тех времён, когда имя могло родиться прямо за столом, из шутки или бытовой ситуации.