Фамилия Наниу — редкая и нестандартная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано со славянской традицией, а корни ведут на Кавказ, а точнее — в Абхазию. Это типичная абхазская фамилия, образованная по местной модели, где родовое имя часто заканчивается на -иу, -ба, -аа. Суффикс -иу в абхазском языке указывает на принадлежность к роду или месту, то есть Наниу буквально означает «из рода Нана» или «принадлежащий к роду Нана».

Основа «Нана» в данном случае — не случайный набор звуков. В абхазском языке «а-нана» означает «мать». Это слово входит в состав многих личных имён и прозвищ, часто используется как ласковое обращение. Соответственно, первый носитель фамилии мог получить прозвище Нана — либо как человек, чем-то напоминающий мать (заботой, мягкостью), либо как тот, чьё имя начиналось с этого корня. Встречается и версия, что Нана — это сокращение от более полного абхазского имени, например, Нанагва или Нанар.

С точки зрения бытования, фамилия Наниу почти не встречается за пределами Абхазии и абхазской диаспоры. В русских документах XIX — начала XX века её могли записывать на слух по-разному: Наниу, Наниа, Нанеу. В советское время при паспортизации форма закрепилась в написании Наниу, но в устной речи ударение может падать как на последний слог (Наниу́), так и на первый (На́ниу) — в зависимости от местного говора.

Родственных фамилий по модели немного, но они есть: Чанба, Ачба, Лагулаа — все они построены по тому же принципу «основа + родовой суффикс». Фамилия Наниу стоит в этом ряду как одна из самых прозрачных по значению: она прямо отсылает к материнскому началу, что для абхазского рода, где культ матери и старшей женщины традиционно силён, могло быть не просто именем, а указанием на статус или характер предка.