Фамилия Наталюшкина — редкий пример, когда женская форма закрепилась в документах как основная, хотя по происхождению она, конечно, «от отца». В основе фамилии лежит женское имя Наталья, но не напрямую, а через уменьшительно-ласкательный суффикс. Если бы мы искали корень в фамилиях вроде Натальин или Наталин, там всё прозрачно: сразу от имени. Наталюшкина сложнее.

Словообразовательная цепочка выглядит так: Наталья → Наталюшка (ласкательная форма, аналогичная «бабушка», «дедушка», «милушка»). Суффикс -ушк- в русских именах и прозвищах придавал оттенок нежности или принадлежности к семье (ср. Иванушка, Марфушка). Фамилия образована по модели «чей?»: сын Наталюшки — Наталюшкин, дочь или жена Наталюшкина. Суффикс -ин в фамилиях указывает на принадлежность конкретному лицу, в отличие от -ов/-ев, которые чаще обозначали род по профессии или имени деда. Здесь же прямая привязка к носителю прозвища.

Кем мог быть предок? Скорее всего, в крестьянской или мещанской среде женщину по имени Наталья ласково звали Наталюшкой. В быту это прозвище закрепилось за её мужем или детьми: «Наталюшкин мужик», «Наталюшкины ребята». Со временем прозвище стало фамилией. Важная деталь: фамилия не дворянская. Формы на -ушкин типичны для простонародья, где ласкательные имена были нормой общения. В боярских или княжеских родах такие «домашние» варианты не приживались в качестве официальных фамилий.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским областям, где суффикс -ушк- в именах встречается чаще, чем на севере. Встречается она и у украинцев, но там могла бы писаться через «і» (Наталюшкіна). В современной России фамилия очень редкая, в основном фиксируется в центральных регионах и на юге Урала.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от прозвища Наталюшка, данного мужчине. В старой деревне мужчину могли так назвать в насмешку или если он был «маменькиным сынком», но для фамилий такие случаи нетипичны — обычно прозвища с женским корнем переходили на потомков только если это было имя матери (матчество). Поэтому версия с женским именем Наталья остаётся основной.