Фамилия Наталюткина образована от имени Наталютка — ласковой, уменьшительной формы женского имени Наталья. Само имя Наталья восходит к латинскому слову natalis, что значит «родной», «рожденный». Отсюда и смысл имени: «родимая», «природная», «родная». В старину существовало и редкое мужское имя Наталий — тот же корень, но в мужском роде, и женская форма пошла именно от него.

Фамилия Наталюткина — это притяжательное образование по модели «чей?»: суффикс -ин указывает на принадлежность. Такая модель типична для русских фамилий, которые возникали от женских имён и прозвищ. В данном случае потомок женщины по имени Наталютка со временем получил фамилию Наталюткин, а для женщин и детей она закрепилась в форме Наталюткина.

Интересно, что фамилия эта — редкая. Уменьшительная форма Наталютка не вошла в массовый обиход, в отличие от более частых Наталка, Наташа, Таля. Поэтому и фамилия встречается нечасто, и её носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких локальных родов, где это имя было в ходу.

Процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий — с XVI по XIX век, и крестьянские семьи часто получали фамилии уже после отмены крепостного права. Поэтому точно сказать, где и когда возник род Наталюткиных, можно только по итогам генеалогических исследований: по ревизским сказкам, метрическим книгам и исповедным ведомостям. Но одно ясно: фамилия хранит память о женщине, которую в семье звали ласково — Наталютка.