Фамилия Натурин образована от прозвища или нецерковного имени Натура. В русском языке слово «натура» означало не только природу, но и характер, нрав человека, а также — в диалектах — пользу, выгоду. Прозвище Натура могли дать человеку с сильным, своенравным характером, либо тому, кто умел извлекать выгоду из любого дела. В некоторых говорах «натурой» называли упрямца, и это тоже могло лечь в основу фамилии.

Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который указывал на принадлежность: Натурин — сын Натуры. Это один из самых распространённых типов русских фамилий, наряду с -ов/-ев. Интересно, что корень здесь не календарный и не церковный, а бытовой, что говорит о народном происхождении фамилии.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России. В дореволюционных переписях и справочниках она не фиксируется как массовая, что может указывать на её позднее оформление или локальное бытование в конкретной местности. Известных носителей с этой фамилией в истории нет, что типично для фамилий, возникших в крестьянской или мещанской среде.

Можно сравнить Натурина с однокоренными фамилиями — Натуров, Натуркин, Натуринский. Первая, с суффиксом -ов, могла возникнуть независимо в другом регионе, а Натуркин — уменьшительная форма, указывающая на более тесную, семейную связь с прозвищем. Натурин среди них — самая прямая по форме, без лишних суффиксов.

Версия о происхождении от латинского «natura» через книжную традицию маловероятна: такие заимствования редко становились прозвищами простых людей. Скорее всего, фамилия чисто русская, бытовая, и её носители — потомки человека, которого в деревне знали по характеру или повадкам.