Фамилия Науаев — одна из тех, где на первый взгляд ясная основа оборачивается несколькими версиями, и выбор между ними зависит от того, в какой среде искать корни. По модели образования это типичная русская фамилия с патронимическим суффиксом -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на й. То есть Науаев — буквально «сын (или потомок) Науая».

Самая прямая и правдоподобная гипотеза ведет к тюркским языкам, распространенным в Поволжье, на Урале и в Сибири. Имя Науай могло быть вариантом имени Науан или Науар, которые, в свою очередь, восходят к арабскому корню со значением «помощь», «поддержка» (ср. Науа — «помощник»). В башкирском, татарском, казахском ономастиконе встречаются имена с основой Науа-, и фамилия Науаев логично вписывается в этот ряд. В таком случае предок носителя фамилии мог получить имя с пожеланием удачи или покровительства.

Менее распространенная, но не исключенная версия — связь с арабским словом науа (نوا) в значении «намерение», «замысел». Имена с таким корнем давали, желая ребенку целеустремленности. Однако в русской фамильной традиции эта основа встречается реже, чем тюркские антропонимы.

Географически фамилия Науаев — редкая. В открытых источниках она фиксируется преимущественно в Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Челябинской областях. Это косвенно подтверждает тюркскую версию происхождения: фамилия могла возникнуть в среде башкир или татар, где имя Науай было более употребительным, а затем, при оформлении официальных документов, получила русский суффикс.

В отличие от фамилий на -ов, которые образуются от основ на твердый согласный, -ев в Науаеве указывает на то, что исходное имя заканчивалось на -ай. Такая модель (ср. Алтаев, Каратаев) характерна для фамилий, возникших на стыке тюркской именной традиции и русской паспортной системы. Таким образом, Науаев — это фамилия, которая с большой вероятностью хранит память о тюркском имени с пожелательным значением, и ее носители, скорее всего, имеют корни в регионах, где веками соседствовали славянские и тюркские языки.