Фамилия Науенко — один из тех случаев, когда при кажущейся прозрачности корня начинаются сложности. На слух она почти сливается с более распространённой «Науменко», но разница в суффиксе меняет историю.

В основе лежит каноническое имя Наум (от древнееврейского «утешитель»), которое было популярно в среде духовенства и крестьянства. Однако если фамилия Науменко образована напрямую от имени с помощью патронимического суффикса -енко («сын Наума»), то Науенко — это иная, более редкая словообразовательная модель. Суффикс -енко здесь присоединяется не к полной форме имени, а к его производной, усечённой основе. Фактически Науенко — это «сын Науя», где «Науй» — разговорно-бытовое, сокращённое прозвище от Наум, вроде того, как Иван превращается в Иванко, а потом в Иваненко.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным районам Украины, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. В отличие от массовой Науменко, Науенко встречается заметно реже, что часто указывает на происхождение из одной локальной группы или даже одного села, где фамилия закрепилась за конкретным родом.

С точки зрения социального статуса носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками. Имя Наум давали не только по святцам, но и с пожеланием, чтобы ребёнок вырос «утешителем» для семьи. В украинской среде фамилии на -енко в массе своей закрепились именно за непривилегированными сословиями — в отличие от польских фамилий на -ский, которые носили шляхтичи.

Любопытная деталь: в старых метрических книгах можно встретить вариант написания «Науенко» через «ѣ» (Науенко), что отражает местное произношение с «яканьем» или специфическую передачу звука. Сегодня фамилия пишется устойчиво, но её редкость делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — если вы Науенко, ваша родословная, вероятно, уходит корнями в одно-два конкретных села, а не в широкую область.