Фамилия Наденко выглядит как типичная украинская фамилия на -енко, но её основа неочевидна. В отличие от распространённых Науменко (от имени Наум) или Павленко (от Павел), корень «Над-» не встречается в церковных святцах. Здесь ключ не в имени, а в прозвище или в звуковой трансформации.

Суффикс -енко в украинской традиции означал «сын» или «потомок» (как уменьшительно-патронимическая форма). То есть Наденко — это «сын Нады». Но что такое «Нада»? Самая прямая версия — это сокращение от имени Надежда. В украинском быту имя Надежда часто сокращали до Надя, а от него могли образовать форму Нада (по аналогии с Даша — Даса, но с упрощением). Тогда Наденко — потомок человека по имени Надя. Однако «Надя» — имя женское, а фамилии давались по мужской линии. Выход прост: в XIX веке украинские крестьяне нередко получали фамилии от имени матери, если она была вдовой или главой семьи, либо от прозвища, данного по материнской линии. Такие «матримониальные» фамилии (от имени матери) — редкий, но известный пласт.

Вторая версия — прозвищная. Глагол «надеть» в восточнославянских говорах мог дать прозвище человеку, который что-то надевал (одежду, шапку) необычным образом или, в переносном смысле, «надевал» на себя личину, притворялся. В украинском языке есть слово «нада» как форма глагола «надавати» (давать много) или как диалектное «надо». Но это менее вероятно: прозвища от глаголов в повелительном наклонении (вроде Непейвода, Держикрай) обычно не образуют фамилии на -енко.

Третья версия — фонетическая. Фамилия могла возникнуть как искажение при записи. Например, украинская фамилия Науменко в некоторых говорах могла звучать как «Навменко», а при неразборчивом почерке или диалектном произношении «в» перешло в «д» (явление, известное в диалектологии как замена губных на зубные). Или же это вариант фамилии Наденный (от «надений» — надетый), который при русификации получил суффикс -енко.

Географически фамилия Наденко встречается в центральных и восточных областях Украины (Полтавская, Черкасская, Днепропетровская области), что подтверждает украинское происхождение. В России она редка и чаще всего принадлежит потомкам переселенцев с Украины.

Таким образом, с большой вероятностью Наденко — это «сын Нади», где Нада — сокращение от Надежда. Фамилия возникла в среде украинского крестьянства, возможно, в ситуации, когда родство считали по матери. Другие версии (прозвищная и фонетическая) менее убедительны, но полностью исключать их нельзя — без документов XVII–XVIII веков точно сказать невозможно.