Фамилия Науьенко — редкий случай, когда основа не имеет очевидной славянской или тюркской этимологии и, скорее всего, восходит к кавказскому или восточному прозвищу. Суффикс -енко говорит о том, что фамилия сформировалась на украинской или южнорусской почве: это типичный патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Вопрос в том, что стоит до суффикса.

Скорее всего, в основе лежит имя или прозвище Науьа. Учитывая, что фамилия не встречается массово, а её носители концентрируются в южных регионах России и на Кубани, логично предположить адыгское или ногайское происхождение. В адыгских языках есть корни, близкие к «нау» — «свет» или «глаз», а также личные имена с таким звучанием. Прозвище Науьа мог получить человек с приметной внешностью или светлыми глазами — для кавказской среды это было яркой отличительной чертой.

Менее вероятна, но возможна версия от тюркского «нау» — «новый», «молодой». Тогда Науьенко — это «сын молодого» или «сын новичка», то есть человека, недавно поселившегося в общине. Однако в таком случае ожидалось бы большее распространение фамилии в татарской или башкирской среде, чего не наблюдается.

Альтернативная гипотеза — искажение при записи. В метрических книгах XIX века фамилию могли записать на слух как Науенко, а со временем буква «ь» закрепилась в написании, придав ей необычный вид. Но если это просто фонетический вариант от Науменко (от имени Наум), то мягкий знак здесь лишний: в украинской традиции Науменко пишется без него.

Таким образом, фамилия Науьенко — это, скорее всего, украинизированная форма кавказского или тюркского прозвища, закрепившаяся в казачьей среде. Её носители — потомки человека, которого окружающие называли Науьа, и это имя указывало либо на его внешность, либо на происхождение.