Фамилия Наумовец — один из тех случаев, когда географический суффикс даёт ключ к происхождению быстрее, чем корень. Если отбросить окончание, в основе лежит крестильное имя Наум (др.-евр. «утешающий»). Такие имена в форме притяжательного прилагательного дали тысячи фамилий на -ов: Наумов, Наумовский. Но суффикс -ец здесь меняет всё.

Модель образования «Наумовец» типична для западнорусских и украинских земель, а также для Польши и Беларуси. Суффикс -ец в фамилиях часто указывает на происхождение из определённого места: «человек из Наумова» или «житель села Наумовичи». Предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем из населённого пункта с названием Наумово, Наумовка или Наумовичи. Таких сёл немало на территории современной Беларуси, Украины и в западных областях России. Фамилия могла закрепиться за переселенцем, который перебрался в другую местность и получил прозвище по прежнему месту жительства.

Есть и более простая версия, хотя она менее вероятна для этой модели. В украинской и белорусской традиции суффикс -ец мог добавляться прямо к имени отца, образуя отчество в форме «сын Наума». В этом случае Наумовец — прямой аналог русского Наумович, но с местным суффиксом. Однако, если фамилия бытовала в среде, где патронимы на -ович были нормой, форма на -ец чаще указывает именно на топонимическое прозвище, а не на отчество.

Фамилия редкая, её нет в массовых списках дворянских или купеческих родов. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение. Носители фамилии Наумовец в основном встречаются в западных областях России (Брянская, Смоленская), в Беларуси и на Украине. Встречаются варианты написания с одной буквой «в» — Наумо́вец — но это скорее орфографическая случайность, чем отдельная фамилия.