Фамилия Неботов ведет начало от личного прозвища Небот. В его основе лежит отрицательная частица «не-» и глагол «ботать», который в разных говорах имел свои оттенки. В словаре Владимира Даля находим, что в тамбовских говорах «ботать» означало «качать, болтать, колебать, стучать ногами в широких сапогах», а в архангельских — «звонить, брякать позвонком, боталом». Исходя из этого, прозвище Небот могли дать человеку медлительному, уравновешенному, тихому и спокойному — тому, кто не суетится и не производит лишнего шума.

Существует и другая версия, связанная с промыслом. Глагол «ботать» употребляли также в значении «бить или пахтать масло; загонять шестом рыбу в сети». Тогда Неботом называли того, кто умел сбивать масло или ловить рыбу необычным, отличным от общепринятого способом. Такое прозвище закреплялось за человеком, чьи навыки в ремесле выделяли его среди односельчан.

Модель образования фамилии проста и типична для русских родовых именований: к основе Небот прибавили патронимический суффикс -ов, означающий принадлежность потомку. То есть Неботов — это «сын Небота», внук или правнук человека с таким прозвищем. Фамилия закрепилась в тех регионах, где глагол «ботать» был в ходу, — на юге России и в северных говорах.

Следы фамилии встречаются в документах XX века. В Книге памяти Ставропольского края упомянут комбайнер Неботов Александр Филиппович, родившийся в 1906 году в селе Краснопартизанское. Эта запись показывает, что к тому времени фамилия уже прочно обосновалась на юге страны, а ее носители занимались сельским трудом.