Фамилия Небожчик — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не скрыто за суффиксами. В ней сразу слышится основа «небож-», и это не корень «неб-» (небо), а польское или западнорусское слово «небожчик» — покойник, умерший человек. В польском языке «niebożczyk» (или «nieboszczyk») означает «усопший», и фамилия с таким корнем — отголосок старых прозвищ, которые давали не в обиду, а по обстоятельствам.

Самый вероятный источник — прозвище Небожчик, которое мог получить ребёнок, родившийся после смерти отца или матери. В крестьянской среде такое случалось часто: младенца называли «покойничком» или «сиротой» в память об умершем родителе. Позже это прозвище закрепилось за родом. Менее правдоподобна версия о связи с церковным обрядом или профессией гробовщика — прозвища по роду занятий обычно образовывались иначе (Гробов, Гробарь), а суффикс «-чик» здесь уменьшительно-ласкательный, что указывает на личное, а не профессиональное прозвище.

Суффиксальная модель простая: основа «небож-» + суффикс «-чик». Фамилия бессуффиксная по форме — она не получила типичных русских окончаний «-ов» или «-ин», что указывает на её польское или украинское происхождение. В Польше фамилии на «-чик» (Czyk, -czyk) распространены, и Небожчик могла возникнуть среди католического или униатского населения западных губерний Российской империи. Географически фамилия встречается в Польше, Беларуси и на западе Украины, в России — крайне редко, единичными семьями.

В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова подобная фамилия не упоминается, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер. Носители фамилии Небожчик, скорее всего, ведут род из западнославянских земель, где слово «небожчик» было бытовым, а не книжным. Фамилия звучит мрачно для современного уха, но в прошлом такие прозвища давали без мистического страха — как констатацию факта рождения в трудное время.