Фамилия Нечинская почти наверняка происходит от названия населённого пункта Нечино. Такие деревни и сёла существуют в Архангельской и Ивановской областях, и именно от них, по самой распространённой модели, и образована фамилия. Суффикс -ск- в её основе указывает на географическое происхождение: так называли человека, который был родом из Нечина или владел землёй в этих местах. Женская форма Нечинская — это, соответственно, жена или дочь Нечинского.

Менее вероятная, но любопытная версия связывает фамилию с искажённым прозвищем Нерчинский. Оно отсылает к городу Нерчинску в Забайкалье, известному с XVII века. Если предположить, что предок носителя фамилии имел отношение к этому далёкому сибирскому городу, то при переезде в европейскую часть России прозвище Нерчинский могло со временем упроститься до Нечинский. Однако эта гипотеза выглядит слабее: слишком уж далеко Забайкалье от основных путей расселения, и топонимическая версия с более близкими и реально существующими сёлами Нечино выглядит убедительнее.

Как бы то ни было, в основе фамилии лежит прозвище Нечинский, которое давали человеку по месту его жительства или происхождения. Потомки этого человека, уже не связанные напрямую с той местностью, со временем закрепили за собой фамилию в форме Нечинская. Само название Нечино, скорее всего, восходит к неканоническому личному имени Неча, которое в древнерусском языке означало «неожиданный», «нежданный» ребёнок. Так на Руси нередко называли поздних или долгожданных детей, и это имя было довольно распространено. Таким образом, в фамилии соединились две древние традиции: личное прозвище и географическое указание, что делает её типичным образцом русской ономастики, в котором отразилась и история семьи, и история местности.