Фамилия Нечко звучит на слух как украинская, и это верное предположение. Она образована по типичной для западных и южных регионов модели: к основе прозвища или имени добавляется уменьшительный суффикс -к-, а затем фамильный формант -о. В русском языке такой суффикс чаще давал бы окончание -ов (Нечков), но украинская традиция закрепила конечное -о, которое и стало фамилией.

Корень «Неч-» — сокращённая, разговорная форма от имени Нестор. В народной речи имя Нестор, пришедшее из греческого (означает «возвратившийся домой»), часто укорачивали до Нечко, Нечка, Нечко. Так могли называть самого младшего ребёнка, позднего наследника, или просто давали ласковое домашнее прозвище, которое со временем закрепилось за всей семьёй. Прямой аналог — фамилия Нестеров в России.

Версия с прозвищем от глагола «некать» (говорить «не»), то есть отказываться, уклоняться, менее вероятна. Такие прозвища (Нечай, Неждан) существовали, но они обычно образовывали фамилии с суффиксами -ев/-ов. Форма Нечко указывает скорее на личное имя, а не на характер.

Географически фамилия Нечко распространена в основном на западе Украины — в Тернопольской, Львовской, Ивано-Франковской областях. В России встречается редко, чаще всего как след переселения или смешанных браков. Носители фамилии исторически относились к крестьянскому или казачьему сословию, потому что в дворянской среде закрепилась бы форма на -ов.