Фамилия Нечин — одна из тех, что образована напрямую от имени или прозвища, без характерного для большинства русских фамилий суффикса принадлежности (-ов, -ев, -ин). В основе лежит слово «неча» — краткая форма имени Нечай. В древнерусском языке «нечай» означало «нежданный», «нечаянный»: так могли назвать ребёнка, родившегося не вовремя или поздно, либо дать прозвище человеку, который появился неожиданно или был непредсказуем. Сама фамилия Нечин — это усечённый вариант от Нечин, который мог возникнуть из отчества «Нечин сын»: то есть сын Нечи (Нечая). Такая модель образования (основа на -а, затем суффикс -ин, но с дальнейшим отпадением конечного -ин в разговорной речи) встречается редко, но фиксируется в северных и сибирских говорах, где фамилии нередко укорачивали.

По географии фамилия Нечин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской областях. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от имени Нечай, которое было особенно популярно в Новгородских землях и на Русском Севере. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким именем, но фамилия Нечин не относится к числу дворянских или широко известных — скорее, это фамилия крестьянского или мещанского сословия.

Стоит различать Нечина и фамилию Нечкин, которая образована от уменьшительной формы Нечка (от Нечай) с суффиксом -кин. Нечин — более редкий и архаичный вариант, где основа сократилась до корня Неч- без дополнительного суффикса. В современном русском языке фамилия может восприниматься как созвучная слову «нечетный» или «нечто», но её подлинное значение — «сын Нечая», то есть потомок человека, которого назвали нежданным. Никаких других версий, например, от слова «нечистый» или «нечестивый», ономастика не поддерживает: это ложные этимологии, основанные на случайном звуковом сходстве.