Фамилия Недомеркова образована от прозвища Недомерок. В основе — глагол «домерить» с приставкой «недо-», указывающей на неполноту действия. Недомерком в русских говорах называли человека низкого роста, коротышку, либо того, кто не дорос до ожидаемых кондиций — недоросля. Второе, менее очевидное значение связано с ремеслом: так могли прозвать торговца или мастера, который постоянно отпускал товар с недовесом или недомером — то есть обвешивал или обмеривал покупателей. Оба корня дают одну и ту же словообразовательную модель: прозвище Недомерок → фамилия Недомерков.

Суффикс -ов (в женском роде -ова) — самый распространённый в русских фамилиях, он указывает на принадлежность: «сын Недомерка» или «из рода Недомерковых». Фамилия редкая, её нет в массовых списках дворянских родов, и это говорит о крестьянском или мещанском происхождении. Встречается она преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях, где были сильны традиции прозвищ по внешнему виду и поступкам.

Любопытно, что фамилия Недомерков стоит в одном ряду с такими же «отрицательными» прозвищами-фамилиями, как Недорослев, Недоборов, Недопивцев. В них отразилась народная ирония — называть человека не по лучшему качеству, а по недостатку. Но со временем прозвище утратило обидный смысл и закрепилось как фамильный знак, передаваемый по наследству.