Основой фамилии Недостоев послужило мирское имя Недостой. Фамилия Недостоев образована от так называемого «охранительного» имени Недостой, в основу которого легло прилагательное «недостойный». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Недостоем. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Недостой, со временем получил фамилию Недостоев.